Mi teoría es que en ao3 hay mejores fics porque todavía no llegó a todos lados, y porque tal vez sea un sitio más elaborado que fanfiction.net. Allí puede publicar cualquier idiota (aunque obviamente también hay cosas buenas en ff.net pero hay que buscar mucho,mucho,mucho, porque hay fics con 50 reviews y son el horror de horrores).
Por ejemplo, yo estoy en un fandom muy reducido que casi no hay fics siquiera en ff.net, y los que hay son horribles, y en ao3 hay poquitos pero son todos de buena calidad.
Pero finalmente, pienso que si ao3 gana mucha, mucha popularidad, va a decaer también porque va a publicar cualquiera, cualquier cosa.